A história se passa em um mundo onde a humanidade foi levada à beira da extinção após o surgimento de uma espécie invasora agressiva há 30 anos. Em meio à constante destruição e morte, as Nações Unidas criaram uma organização chamada EXCEEDS para combater essa ameaça. Na nação insular do extremo oriente chamada Mizuho, uma jovem chamada Shiina Kuze caça essas criaturas enquanto tenta sobreviver ao lado de sua irmã mais nova, Setsuna.